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不管是自然遗产还是文化遗产，“申遗”成功只是开始，涉及到遗产地的保护、修复与进一步研究等问题都需要有关部门、学界乃至全社会投入更大的精力来平衡。用国家文物局局长刘玉珠的话说，“申遗成功意味着更大的责任。与世界上一些遗产大国相比，我国在文物保护、法规建设、文物安全、人才培养等方面还有一定差距，需要积极吸收国际理念，学习各国成功经验，努力成为与世界遗产数量相符的世界遗产强国。”
在北京林业大学自然保护区学院教授张明祥看来，“申请到世界遗产只是一种形式。我们不应过分强调这种形式，而是应投入更多精力来保护这些地方”。张明祥表示，候鸟栖息地的新地位可能会促进当地旅游业的发展，但这也是一个挑战，因为地方政府需要控制游客量，以免影响鸟类的迁徙。北京林业大学自然保护区学院副教授王玉玉表示，未来在保护方面，应更多对湿地生态系统修复进行关注。在我国，无论是滨海湿地还是淡水湿地，现在都面临破碎化的问题，其中以水文情势为代表的水文连通性受到破坏是最严重的。今后，整个湿地生态系统的生态补水方面尤其是水文连通性，可能会是关注的热点问题。“破碎化的湿地系统是一个个不通的水系，但通过与外部的水源进行连通，整体“串”起来后，湿地生态系统内部生物的栖息地就会扩大，物种也会得到补充，整个区域的承载力也会随之提高。”王玉玉解释道，碎片化的湿地生态系统与外界水域连通后，外部的浮游动植物会首先进入该生态系统，跟随而来的是小微型生物、植物，紧接着鱼类也会被吸引进来，水鸟就跟着吸引过来了。“这对于生物多样性和食物网丰富度的提高来说，肯定是有帮助的。”
不只是黄（渤）海候鸟栖息地，良渚考古遗址由于占地面积比较大（约14.3平方公里），保护起来也颇具挑战性。北京建筑大学建筑与城市规划学院教授田林建议，良渚古城遗址的土地可通过建立保护棚来保护其免受破坏。对于一些比较脆弱的区域，工作人员可进行回填并在上面做好标识和介绍，以供游客阅览。他还建议，对于怕暴露的文物，可考虑放置一些复制品代替，起到宣传教育的作用。陈星灿认为，良渚古城成为世界文化遗产后，虽然考古的工作不能停，但恐怕主要还是以保护为主。“在我看来，过去几年挖得太多了，从研究的角度来说，应该慢慢来、按部就班。”
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